Государственный музей истории религии ведет начало от антирелигиозной выставки, устроенной в 1930 году в залах Зимнего дворца. Ее устроители старались воссоздать историю возникновения мировых религий. На экспозиции были показаны религиозные верования первобытного общества, экспонаты по иудаизму, буддизму, христианству, исламу, современному католицизму и православию. Выставка имела огромную популярность, и было принято решение превратить ее в постоянно действующий музей, который и был открыт в 1932 году в здании Казанского собора как Музей истории религии и атеизма. Музей был учреждён как уникальный центр, в основе концепции которого лежало представление о музее-институте, сочетающем научно-исследовательскую и экспозиционную работу. Он сосредоточил в своих фондах богатейшее собрание, которое сформировалось благодаря поступлениям из других музеев, а также за счет конфискованных ценностей церквей, монастырей, даров частных лиц и материалов научных экспедиций. В музейное хранение было передано большое собрание православных икон (в т. ч. XIV-XV вв.), произведения живописи и графики русских художников (И. К. Айвазовского, В. М. Васнецова, К. А. Коровина, Б. М. Кустодиева, М. В. Нестерова, В. И. Сурикова и др.), западно-европейской живописи XV-XVII вв., обширные коллекции предметов христианского, православного и католического культов, коллекции по буддизму, исламу, индуизму, верованиям народов Кавказа, Сибири, Поволжья, Китая и Японии.
В 2000 году музей переехал в специально реконструированное для него здание на Почтамтской улице, недалеко от Исаакиевского собора. В России впервые, после почти векового перерыва, музейный комплекс разместился в специально оборудованном, а не наспех приспособленном для музейных нужд здании.
В настоящее время обновленный музей предлагает посетить интереснейшие экспозиции, выставки, специальные программы, которые отражают многообразие и единство духовной культуры человечества, демонстрируют в едином музейном пространстве религии разных стран и народов, способствуя развитию культуры и воспитанию осознанной толерантности по отношению к носителям других религиозных взглядов и убеждений.
